Fra 1. januar 2004 ble det innført en ny ordning for kompensasjon av merverdiavgift for kommuner. Havnene må søke gjennom vedkommende kommune og den utbetalte kompensasjon betales ofte ikke tilbake til havna, men blir i kommunekassen. Kommunene begrunner dette med at man har fått redusert de såkalte frie overføringer tilsvarende kompensasjonen.  For havnene blir imidlertid problemet at havnekassen på denne måte blir tappet idirekte.  problemstillingen er tatt opp i brev av 2. mars med Kystdirektoratet, jfr nedenstående